建所以来，研究所主持和参加了一大批国家级重大科研项目和省部级、北京市科研项目，包括国家重点研发、国家自然科学基金、国家科技攻关、“863”、“973”、以及国际合作等项目，在蔬菜花卉种质资源和遗传育种、高效栽培、病虫害绿色防控、生物育种等方面取得了一系列重要进展和成果。截止到2023年，研究所共主持获得省部级以上科技成果奖励134项，其中主持完成国家级奖励21项，实现了国家发明奖、自然科学奖、科技进步奖全覆盖，“聚乙烯地膜及地膜覆盖栽培技术”、“甘蓝雄性不育系育种技术体系”、“重大蔬菜害虫韭蛆绿色防控关键技术”等成果的推广应用，产生了巨大的经济、社会和生态效益。研究所先后培育出200余个优质、丰产、抗病的蔬菜花卉新品种，如“中甘”系列甘蓝、“中农”系列黄瓜、“中椒”系列甜椒、“中杂”、“IVF”系列番茄、“中白”系列白菜、“中薯”系列马铃薯等新品种的育成，引领了我国蔬菜花卉遗传育种的科技创新，并极大地促进了我国蔬菜花卉科技和产业的高质量发展，为农民增收、农村经济发展和社会主义新农村建设做出了突出贡献。