【新京报】客户端-中国农科院给黄瓜建了一个多组学综合数据库

      新京报讯（记者周怀宗）记者从中国农科院获悉，近日，我国科学家公布了黄瓜首个近完整基因组和参考转录本数据集，并整合泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息，建立了第一个黄瓜多组学综合数据库，为黄瓜功能基因组学和分子育种研究提供全面的共享平台。研究成果发表于国际著名期刊《分子植物（Molecular Plant）》。

该研究搭建了第一个黄瓜多组学数据库，开发了数十个实用分析工具。中国农科院蔬菜所供图

      黄瓜是葫芦科的重要经济蔬菜作物，也是研究植物性别决定、维管束形成的重要模式系统。而受当时测序技术及组装方法的限制，当前版本仍然有大量未知序列和72个缺口。与此同时，这些重复序列也严重影响基因注释的准确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。

      为此，中国农业科学院蔬菜花卉研究所张圣平团队利用超产测序数据，结合遗传图谱和Hi-C测序数据进行组装调整和验证，除一个位于2号染色体的缺口外，其他6条染色体均为一条连续序列，获得了黄瓜参考基因组近完成图。

      基于以上研究，该研究搭建了第一个黄瓜多组学数据库，囊括了重要的黄瓜泛基因组、核心种质变异组和转录组数据，开发了数十个实用分析工具，为科研人员提供一站式服务。通过这个数据库，可以同时获得12个不同黄瓜种质基因组序列和基因模型信息、核心种质资源变异数据、驯化选择区间、基因及转录本表达谱可视化、可变剪切信息、共表达调控网络及下游靶基因预测等相关数据和工具。

编辑 张树婧

校对 刘军

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